在办理上海食品经营许可证时（注册食品公司），还需要准备相关的申请材料，并提交给所在市的食品药品监督管理部门。所需的材料包括食品经营许可证申请、营业执照（营业执照代办）、相关主体资格证书复印件、食品经营设备和设施配置等文件。

同时，还需要进行食品安全自查，并提供自动售货设备的合格证明书等文件。根据法规规定，还需要提交授权委托书和代理人身份证明等文件。

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