随着我国税收政策的不断完善和税收征管手段的加强，企业税务风险自查已成为企业合规经营的重要环节。上海作为我国的经济中心，众多企业在此聚集，税务风险自查整改更是重中之重。本文将详细介绍如何处理上海公司税务风险自查的整改措施，以帮助企业在合规的道路上稳步前行。

一、完善内部控制制度

完善内部控制制度

企业应建立健全的内部控制制度，确保税务管理的规范性和有效性。具体措施包括：

1. 明确税务管理职责，确保税务工作有专人负责。

2. 制定税务管理制度，规范税务工作的流程和标准。

3. 加强税务培训，提高员工税务风险意识。

4. 定期开展内部审计，确保税务管理制度的执行。

二、加强税务核算管理

加强税务核算管理

税务核算是企业税务管理的基础，以下措施有助于加强税务核算管理：

1. 严格执行会计制度，确保会计信息的真实、准确、完整。

2. 加强增值税发票管理，确保发票的真实性和合规性。

3. 定期核对账目，确保账实相符。

4. 加强税务申报管理，确保申报及时、准确。

三、关注税收优惠政策

关注税收优惠政策

企业应密切关注国家税收优惠政策，充分利用政策优势降低税务风险。具体措施包括：

1. 了解国家税收政策，掌握税收优惠政策。

2. 结合企业实际情况，制定税收筹划方案。

3. 加强与税务机关的沟通，确保政策落实到位。

4. 定期评估税收优惠政策的效果，及时调整税收筹划方案。

四、加强税务风险管理

加强税务风险管理

企业应建立健全税务风险管理体系，以下措施有助于加强税务风险管理：

1. 定期开展税务风险评估，识别潜在风险。

2. 制定风险应对措施，降低税务风险。

3. 加强税务风险监控，确保风险应对措施的有效性。

4. 建立税务风险预警机制，及时发现和处理税务风险。

五、加强税务合规管理

加强税务合规管理

企业应加强税务合规管理，以下措施有助于提高税务合规水平：

1. 严格执行税收法律法规，确保企业税务行为合法合规。

2. 加强税务合规培训，提高员工合规意识。

3. 建立税务合规检查机制，确保合规措施落实到位。

4. 定期开展税务合规自查，及时发现问题并整改。

六、加强税务信息管理

加强税务信息管理

企业应加强税务信息管理，以下措施有助于提高税务信息质量：

1. 建立税务信息管理系统，确保税务信息准确、完整。

2. 加强税务信息共享，提高税务工作效率。

3. 定期清理税务信息，确保信息及时更新。

4. 加强税务信息安全，防止信息泄露。

本文从完善内部控制制度、加强税务核算管理、关注税收优惠政策、加强税务风险管理、加强税务合规管理和加强税务信息管理六个方面，详细阐述了如何处理上海公司税务风险自查的整改措施。通过这些措施，企业可以有效降低税务风险，确保合规经营。