一、了解税务审计的基本概念

税务审计是指税务机关对纳税人的纳税申报、纳税申报表、财务报表等资料进行审查，以确认纳税人是否依法纳税，是否存在偷税、漏税等违法行为。上海代账公司在处理公司税务审计指导时，首先要了解税务审计的基本概念，包括审计的目的、范围、程序等。

二、收集整理相关资料

1. 收集纳税人的基本信息，如纳税人名称、纳税人识别号、法定代表人等。

2. 整理纳税人的财务报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表等。

3. 收集纳税人的纳税申报表，包括增值税纳税申报表、企业所得税纳税申报表等。

4. 收集纳税人的发票、收据等原始凭证。

5. 收集纳税人的合同、协议等与税务相关的文件。

三、分析纳税人的税务风险

1. 分析纳税人的行业特点，了解行业内的税务风险。

2. 分析纳税人的经营模式，找出可能存在的税务风险点。

3. 分析纳税人的财务报表，找出可能存在的税务风险。

4. 分析纳税人的纳税申报表，找出可能存在的税务风险。

5. 分析纳税人的发票、收据等原始凭证，找出可能存在的税务风险。

四、制定税务审计方案

1. 确定审计目标，明确审计的重点内容。

2. 制定审计计划，包括审计时间、审计人员、审计方法等。

3. 确定审计范围，明确审计的具体内容。

4. 制定审计程序，确保审计过程的规范性和有效性。

5. 制定审计报告模板，确保审计报告的完整性和准确性。

五、实施税务审计

1. 审计人员按照审计方案，对纳税人的财务报表、纳税申报表、原始凭证等进行审查。

2. 审计人员对纳税人的税务风险进行评估，并提出相应的整改建议。

3. 审计人员对纳税人的税务问题进行核实，确保审计结果的准确性。

4. 审计人员与纳税人进行沟通，了解纳税人的实际情况。

5. 审计人员对审计过程中发现的问题进行记录，确保审计过程的完整性。

六、出具税务审计报告

1. 审计人员根据审计结果，出具税务审计报告。

2. 税务审计报告应包括审计过程、审计结果、审计建议等内容。

3. 税务审计报告应客观、公正、真实地反映纳税人的税务情况。

4. 税务审计报告应按照税务机关的要求进行提交。

5. 税务审计报告应与纳税人进行沟通，确保纳税人对审计结果的理解。

七、跟踪税务审计整改

1. 审计人员对纳税人的税务整改情况进行跟踪。

2. 审计人员对纳税人的税务整改效果进行评估。

3. 审计人员对纳税人的税务整改情况进行记录。

4. 审计人员对纳税人的税务整改情况进行反馈。

5. 审计人员对纳税人的税务整改情况进行总结。